La storia narra di un enorme robot costruito dallo scienziato Juzo Kabuto e lasciato in eredità, alla sua morte, al nipote adolescente Koji Kabuto (in Italia Ryo), col compito di contrastare i piani del Dottor Hell (in Italia Dottor Inferno), uno scienziato tedesco. Hell aveva partecipato a una spedizione archeologica nell'isola greca di Bardos (Rodi in Italia), e al ritrovamento dell'esercito di mostri meccanici costruiti dai Micenei (Mikenes in originale) uccise tutti i presenti (tranne Kabuto, che riusciva a fuggire) e si impossessò della loro antica tecnologia per conquistare il mondo.

Mazinga Z, insieme ad Afrodite A, un altro robot potente dall'aspetto femminile e pilotato da Sayaka Yumi, riuscirono a contrastare gli attacchi di Hell...